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Covid-19 : dans les coulisses de la traque des variants du virus

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Par , France Bleu, France Bleu Paris

Le laboratoire Eurofins Biomnis a développé un nouveau kit de criblage permettant de détecter les variants du coronavirus dans les tests PCR positifs venus de toute la France. Il s'agit d'une analyse PCR classique, mais avec un nouveau réactif chimique.

La présence des variants est détectée après analyse de courbes.
La présence des variants est détectée après analyse de courbes. © Radio France - Sarah Calamand

Le laboratoire Eurofins Biomnis d'Ivry-sur-Seine (Val-de-Marne) teste depuis samedi 23 janvier des prélèvements positifs au Covid-19 venus de toute la France, de jour comme de nuit. Le but : fournir aux autorités de santé une cartographie de la circulation des différents variants du virus. La version britannique d'un côté, et les variants sud africain et brésilien de l'autre, que le laboratoire n'arrive pas encore à différencier. 

Quelques milliers de prélèvements sont déjà arrivés. "Mais pas du tout à la hauteur du nombre de patients positifs en France, explique Sébastien Guibault, directeur du site d'Ivry-sur-Seine. Chaque jour, nous en recevons un peu plus que la veille, au fur et à mesure des communications réalisées par les autorités de santé."

93 prélèvements analysés en une fois

Les fioles sont mises d'abord en étuve, dans un four, pour être décontaminées. "L'objectif est de protéger nos équipes lors de l'ouverture des sachets.", précise Sébastien Guibault. Direction ensuite des automates, qui vont préparer le prélèvement pour qu'il subisse une deuxième analyse PCR. "On charge les tubes dans une machine de pipetage, détaille le directeur. En vue d'extraire une petite partie du prélèvement et de le positionner sur une micro-plaque. Chaque plaque comporte 93 patients. Ensuite, nous la préparons pour pouvoir réaliser l'extraction de l'ARN", cette fameuse copie de l'ADN du virus.

Une des premières étapes du criblage consiste à extraire une petite quantité de l'échantillon positif au Covid-19.
Une des premières étapes du criblage consiste à extraire une petite quantité de l'échantillon positif au Covid-19. © Radio France - Sarah Calamand

Des réactifs photosensibles

L'extrait est ensuite chauffé pour pouvoir se multiplier, afin qu'il y ait plus de matière à étudier. Vient maintenant l'ajout des réactifs sensibles à la lumière. La réaction est ensuite modélisée sous forme des courbes, que vont étudier les techniciens de laboratoire. "On traite chaque patient un par un, explique Aurélien Bizet, un des techniciens justement en train de travailler sur une série d'analyses. On regarde l'aspect des deux courbes. Suivant laquelle est élevée, on en conclu s'il s'agit du variant anglais ou du coronavirus classique. Si les deux sont élevées, alors on est en présence du variant sur-africain."

Les données sont ensuite validées par un médecin biologiste et compilées pour être transmises aux autorités. La plateforme Covid du laboratoire d'Ivry-sur-Seine est capable d'analyser jusqu'à 50.000 prélèvements par jour. Les recherches se poursuivent pour adapter les méthodes d'analyses en cas de découverte de nouveaux variants du virus. 

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