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Coronavirus : comment l'institut de virologie de Strasbourg traque le variant anglais

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Par , France Bleu Alsace, France Bleu Elsass

Le nombre de cas de variants du coronavirus est passé de 500 par jour au début du mois de janvier à 2.000 aujourd'hui, a déclaré ce jeudi le ministre de la Santé Olivier Véran. Pourtant, aucun cas du variant anglais n'a pour l'instant été détecté en Alsace, malgré des recherches qui vont bon train.

Les chercheurs alsaciens analysent la séquence génétique des tests Covid positifs, à la recherche d'une mutation.
Les chercheurs alsaciens analysent la séquence génétique des tests Covid positifs, à la recherche d'une mutation. © Radio France - Théo Hetsch

Aucun cas de variant anglais du Covid-19 n'a pour l'instant été détecté en Alsace. C'est le constat de l'institut de virologie de Strasbourg ce jeudi 28 janvier. On est donc très loin de la situation en Île-de-France, où les variants représentent 10% des cas de contamination.

Mais les chercheurs alsaciens ne se font pas d'illusion : "Sincèrement, je pense qu'il va finir par arriver chez nous, c'est une question de temps", estime le professeur Samira Fafi-Kremer directrice de l'institut de virologie, qui mène actuellement de nouvelles analyses aux hôpitaux universitaires de Strasbourg pour détecter la présence du variant anglais. "Je ne dirais pas que ça m'inquiète, c'est juste qu'après un an, on est un peu fatigué d'avoir encore une nouvelle charge de travail à gérer", explique-t-elle.

"Déchiffrer" le virus

Car c'est un travail de longue haleine, plusieurs jours sont nécessaires pour décortiquer le virus. Première étape : le tri des prélèvements : "On a pris tous les tests Covid positifs et nous avons sélectionné ceux qui avaient une charge virale élevée, pour s'assurer que l'analyse puisse fonctionner", explique le professeur Fafi-Kremer. Reste donc 28 tests positifs, suffisamment chargés en virus, qui viennent des HUS ou de clusters en Alsace. Ils sont ensuite analysés à l'étage, au plateau de microbiologie.

C'est la 2e étape : extraire le génome du virus pour ne garder que l'ARN, la séquence génétique... qu'il faut elle-même réduire car elle comprend pas moins de 30 000 éléments, des nucléotides. Reste alors une séquence "raccourcie" du génome du virus, qu'il faut déchiffrer grâce à une machine qui ressemble à une grosse imprimante, c'est la 3e étape : "_On va injecter des produits qu'on a préparé et qui vont permettre de "révéler" la séquence et permettre de la lire et de détecter la présence ou non du varian_t", explique Samira Fafi-Kremer.

Des variations infimes qu'il faut repérer

La séquence génétique est ainsi "traduite" en une liste de nucléotides (A, C, G et T), les composants de l'ARN du virus. "On compare la séquence du virus avec celle de la souche originelle du Covid-19. Et si certaines positions varient par rapport au virus d'origine (un nucléotide A à la place d'un T par exemple), c'est que _le génome a muté_. On est alors en présence d'un variant", explique Anne, technicienne à l'institut de virologie.

La technicienne compare ainsi la séquence du virus prélevé avec la séquence originelle de la Covid-19.
La technicienne compare ainsi la séquence du virus prélevé avec la séquence originelle de la Covid-19. © Radio France - Théo Hetsch

Heureusement, pour le moment, aucune modification n'est pas apparue sur l'écran d'Anne. Mais une nouvelle campagne flash a été menée mercredi, les tests Covid positifs sont en train d'être analysés et les résultats devraient arriver ce lundi.

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