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Dossier : Coronavirus Covid-19

Le CHU de Besançon commence à séquencer des génomes du coronavirus, à la recherche du variant anglais

Le séquençage est régulièrement utilisé par les scientifiques pour connaître et surveiller un virus. Face aux variant britannique, le CHU de Besançon est l'un des laboratoire mobilisés pour surveiller les génomes du coronavirus. Ce séquençage a démarré mercredi 27 janvier 2021 en Franche-Comté.

En Bourgogne-Franche-Comté, les CHU de Besançon et Dijon sont chargés de séquencer le coronavirus (image d'illustration)
En Bourgogne-Franche-Comté, les CHU de Besançon et Dijon sont chargés de séquencer le coronavirus (image d'illustration) © Maxppp - Sebastien JARRY

Le CHU de Besançon est mobilisé pour surveiller les variants du coronavirus : le séquençage des prélèvements de cas positifs de coronavirus a démarré mercredi 27 janvier 2021, au sein du laboratoire du CHU de Besançon. C'est une méthode de surveillance régulièrement utilisée par les scientifiques pour mieux connaître un virus.

"Pour l'instant, sur les quelques virus que l'on a identifié, nous n'avons pas identifié de variants. Le variant anglais a surtout été identifié en région parisienne et un peu à Marseille," assure Docteur Quentin Lepiller, chef du service de virologie à Besançon, mercredi 27 janvier 2021.

Un scan région par région

Au CHU de Besançon, après deux semaines de mise en place, le séquençage a démarré mercredi à l'occasion d'une journée nationale dans divers laboratoires de France, afin d'obtenir une "photographie nationale des variations du virus", explique le Docteur. Des techniciens et trois biologistes aptes à interpréter les résultats travaillent sur le génome du coronavirus en Franche-Comté. 

L'objectif des virologues bisontins est de surveiller l'évolution des souches de coronavirus en Franche-Comté. Pour cela, ils ne séquencent pas n'importe quel prélèvement positif. Ils vont s'intéresser aux "clusters suspects", où le virus se serait propagé de façon particulièrement rapide par exemple, ou à des tests PCR faits en amont qui alertent.

Ensuite, les biologistes font remonter ces données récoltées localement vers l'assurance maladie, au niveau national, comme pour tous les résultats de test PCR. Il y a aussi une banque de données internationale, gérée par l'Organisation Mondiale de la Santé. Cette méthode de "scan" région par région, évite de passer à côté de l'émergence de nouveaux variants. Cela permet par exemple d'identifier les zones les plus touchées par le variant britannique, et peut amener à modifier la composition du vaccin, si nécessaire.

"On est vigilants sur ces variants"

"On a encore assez peu d'arguments pour dire que ce variant britannique est plus contagieux ou qu'il pourrait changer la réponse des anti-corps, explique le chef du laboratoire au CHU de Besançon. _On est quand même vigilants sur ces variants. Dans un but épidémiologique, il est important de suivre l'évolution des souche_s" :

"On a encore assez peu d'arguments pour dire que ce variant britannique inquiète" : Docteur Quentin Lepiller, chef du laboratoire du CHU de Besançon

L'Angleterre et les Etats-Unis ont la part du lion dans ce séquençage. Depuis un an, le début de l'épidémie, tous les pays contribuent à cette base de données internationales. La France n'envoie pas beaucoup de séquences par rapport aux américains, mais les scientifiques français contribuent de plus en plus à cette base de données, en particulier pour séquencer les variants les plus inquiétants, comme le Britannique. 

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